| 第1章 勇敢的少年快去创造奇蹟 | 第2章 这是一场试炼 | 第3章 完整的生命 | 第4章 碇源堂是人吗？ |
| 第5章 人子紧系神明吧！ | 第6章 我寻思 | 第7章 高天之上，垂怜人间 | 第8章 心理压力大是很正常的 |
| 第9章 魂之座的声音 | 第10章 父亲、神与碇真嗣 | 第11章 葛城美里就是逊啦 | 第12章 老妈 |
| 第13章 我才是妈妈唯一的孩子 | 第14章 人类最后的希望 | 第15章 式波·明日香·兰格雷 | 第16章 碇真嗣如是说 |
| 第17章 亲爱的人子啊 | 第18章 第五使徒，来袭 | 第19章 绝对恐怖领域 | 第20章 在彩虹中走向人类所在之地 |
| 第21章 谜语人太討厌了 | 第22章 少女与零號机 | 第23章 你该醒了 | 第24章 人偶与人性 |
| 第25章 白纸与网格纸 | 第26章 神居於天，天下太平 | 第27章 碇君与綾波 | 第28章 三贤人 |
| 第29章 第六使徒 | 第30章 雷天使 | 第31章 父慈子孝 | 第32章 作战失败 |
| 第33章 神子与天使 | 第34章 祭品 | 第35章 信仰 | 第36章 初號机，出击 |
| 第37章 孤单的生物 | 第38章 月球、少年与巨人 | 第39章 第三使徒 | 第40章 小马尾心狠手辣 |
| 第41章 来者不善 | 第42章 赤木博士 | 第43章 坏孩子 | 第44章 同学 |
| 第45章 救主驱散绝望 | 第46章 神明与魔鬼不会同行 | 第47章 这条不用记 | 第48章 二號机 |
| 第49章 小孩子的幻想是世界的未来 | 第50章 第七使徒 | 第51章 光明的道路 | 第52章 背弃者的性命必悬悬无定 |
| 第53章 很帅的台词 | 第54章 通天塔 | 第55章 半夜不睡觉的綾波丽 | 第56章 戾气太重 |
| 第57章 音乐天使 | 第58章 你的祈祷我听到了 | 第59章 神不偏待人 | 第60章 噩梦与明日香 |
| 第61章 贪婪的人类 | 第62章 莫大的勇气 | 第63章 一切讚颂全归神子 | 第64章 豪猪 |
| 第65章 相悖神理 | 第66章 义人 | 第67章 使徒捕获计划 | 第68章 胎天使 |
| 第69章 橙汁 | 第70章 碇真嗣简直是超人 | 第71章 葛成博士 | 第72章 野火 |
| 第73章 麻烦的神子 | 第74章 碇源堂和长谷川 | 第75章 愚蠢的感情问题 | 第76章 第三適格者呢？ |
| 第77章 坠落天星 | 第78章 创造奇蹟 | 第79章 开导 | 第80章 大餐 |
| 第81章 神子快想办法 | 第82章 神明的意志 | 第83章 你能抱我吗？ | 第84章 同態復仇原则 |
| 第85章 你好香啊 | 第86章 天降之物 | 第87章 模擬体测试 | 第88章 討厌的人 |
| 第89章 梦与女孩 | 第90章 不明入侵 | 第91章 想听到的声音 | 第92章 不要懺悔 |
| 第93章 愤怒之舞 | 第94章 和谐友好大团圆 | 第95章 神子圣典 | 第96章 千万富翁与亿万富翁 |
| 第97章 吃亏 | 第98章 最终教条区 | 第99章 人类补完计划 | 第100章 MAGI三人格 |
| 第101章 四號机 | 第102章 傀儡系统 | 第103章 墓碑 | 第104章 一畜辈畜 |
| 第105章 马尔杜克计划 | 第106章 铃原樱 | 第107章 三號机启动实验 | 第108章 实验终止 |
| 第109章 霰天使 | 第110章 寄生型使徒 | 第111章 笨蛋 | 第112章 病房与明日香 |
| 第113章 超级英雄 | 第114章 第五適格者 | 第115章 渚薰 | 第116章 EVA是心灵的镜子 |
| 第117章 新生命 | 第118章 綾波与碇君 | 第119章 灵魂与身体 | 第120章 最强拒绝型使徒 |
| 第121章 外典 | 第122章 小麵包 | 第123章 交战 | 第124章 野兽模式 |
| 第125章 神话 | 第126章 神枪 | 第127章 量產机 | 第128章 神性 |