| 序曲：万历二十九年，那一声钟鸣 | 第1章：紫禁城的杂音 | 第2章：濠江的遗產 | 第3章：利玛竇的密码 |
| 第4章：京华来的专家 | 第5章：被迫同行 | 第6章：第一块拼图 | 第7章：镜海下的阴影 |
| 第8章：往事如钟 | 第9章：东望洋的灯塔 | 第10章：拍卖会的陷阱 | 第11章：狭路相逢 |
| 第12章：土风舞的密语 | 第13章：妈阁庙的香火 | 第14章：背叛与信任 | 第15章：数字琉璃屿 |
| 第16章：地底钟声 | 第17章：机械之心 | 第18章：三方混战 | 第19章：残局与微光 |
| 第20章：分道与誓言 | 第21章：紫禁城暗涌 | 第22章：风再起时 | 第23章：分水岭 |
| 第24章：里斯本，七丘之城 | 第25章：圣乔治城堡的阴影 | 第26章：地宫的回音 | 第27章：里斯本的邂逅 |
| 第28章：时间的初啼（歷史闪回） | 第29章：热罗尼姆斯的谜题 | 第30章：水下的抉择 | 第31章：镜厅对峙 |
| 第32章：京华疑云 | 第33章：圣保禄的火焰（歷史闪回 II） | 第34章：罗马信號 | 第35章：网络的另一端 |
| 第36章：海眼之下 | 第37章：声波密钥 | 第38章：箱中之秘 |